openforcefield.topology.Molecule ================================ .. currentmodule:: openforcefield.topology .. autoclass:: Molecule .. automethod:: __init__ .. rubric:: Methods .. autosummary:: ~Molecule.__init__ ~Molecule.add_atom ~Molecule.add_bond ~Molecule.add_bond_charge_virtual_site ~Molecule.add_conformer ~Molecule.add_divalent_lone_pair_virtual_site ~Molecule.add_monovalent_lone_pair_virtual_site ~Molecule.add_trivalent_lone_pair_virtual_site ~Molecule.chemical_environment_matches ~Molecule.compute_partial_charges ~Molecule.compute_partial_charges_am1bcc ~Molecule.compute_wiberg_bond_orders ~Molecule.from_bson ~Molecule.from_dict ~Molecule.from_file ~Molecule.from_iupac ~Molecule.from_json ~Molecule.from_messagepack ~Molecule.from_openeye ~Molecule.from_pickle ~Molecule.from_rdkit ~Molecule.from_smiles ~Molecule.from_toml ~Molecule.from_topology ~Molecule.from_xml ~Molecule.from_yaml ~Molecule.generate_conformers ~Molecule.get_fractional_bond_orders ~Molecule.is_isomorphic ~Molecule.to_bson ~Molecule.to_dict ~Molecule.to_file ~Molecule.to_iupac ~Molecule.to_json ~Molecule.to_messagepack ~Molecule.to_networkx ~Molecule.to_openeye ~Molecule.to_pickle ~Molecule.to_rdkit ~Molecule.to_smiles ~Molecule.to_toml ~Molecule.to_topology ~Molecule.to_xml ~Molecule.to_yaml .. rubric:: Attributes .. autosummary:: ~Molecule.angles ~Molecule.atoms ~Molecule.bonds ~Molecule.conformers ~Molecule.impropers ~Molecule.n_angles ~Molecule.n_atoms ~Molecule.n_bonds ~Molecule.n_conformers ~Molecule.n_impropers ~Molecule.n_particles ~Molecule.n_propers ~Molecule.n_virtual_sites ~Molecule.name ~Molecule.partial_charges ~Molecule.particles ~Molecule.propers ~Molecule.properties ~Molecule.torsions ~Molecule.total_charge ~Molecule.virtual_sites